UMR 8067 – Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques (BOREA)

Organisation

Responsables

Celine GAUDIN, Directrice

Présentation

Le laboratoire de Biologie des organismes et des écosystèmes aquatiques · BOREA a pour objectif l’étude de l’écologie et de la biologie des organismes et des habitats aquatiques dans des écosystèmes naturels et contraints. Il s’agit de comprendre, par une approche multidisciplinaire et intégrative, l’origine, le rôle et les mécanismes de l’évolution de la biodiversité aquatique (des molécules aux écosystèmes), les interactions des organismes entre eux et avec leurs milieux de vie et les réponses aux changements globaux, anthropiques et climatiques.

Les modèles biologiques aquatiques étudiés couvrent un large panel, incluant micro-organismes (bactéries et diatomées) et métazoaires (cnidaires, annélides, mollusques, crustacés, échinodermes, poissons chondrichtyens, téléostéens, …) et sont choisis pour leur position phylogénétique, leur cycle biologique, leur intérêt écologique ou leur importance économique.

Les écosystèmes aquatiques étudiés couvrent également un large spectre : hydrosystèmes océaniques, côtiers et dulçaquicoles ; régions tempérées, tropicales ou polaires ; milieux “naturels” ou anthropisés.

BOREA est une Unité construite autour de l’interdisciplinaire, faisant appel à un large champ de disciplines : biochimie, génomique, biologie moléculaire et cellulaire, « éco-évo-dévo », endocrinologie, écophysiologie, écotoxicologie, systématique, phylogénie, phylogéographie, écologie fonctionnelle, modélisation, écologie des communautés, biogéographie, macroécologie.

5 équipes sont présentes sur le site de Caen

• ECOFUNC – Ecologie fonctionnelle des écosystèmes côtiers
• EMERGE – Environnement, épi-génomes, déterminismes et ontogenèses
• EVOREG – Evolution des régulations et contrôle des cycles biologiques
• PHYPAQ – PHYsiologie des espèces exploitées par la Pêche et l’Aquaculture
• RECAP – Résilience des écosystèmes côtiers anthropisés

Le laboratoire BOREA est membre du Centre de Recherches en Environnement Côtier · CREC · et bénéficie de moyens d’accès à la mer et de structures d’élevage en eau de mer à la station de Luc sur Mer.

Mots-clés

Mollusques, bivalves, céphalopodes, macroalgues, poissons téléostéens, chondrichtyens phytoplancton, microphytobenthos, diatomées, croissance, différenciation, biologie de la reproduction, aquaculture, conchyliculture, environnement, biologie marine, biodiversité, dynamique des populations et des peuplements, modélisation des écosystèmes, écophysiologie, écotoxicologie, anthropisation, producteurs primaires.

Savoir faire

• Histologie, immunohistologie, histo-imagerie ;
• Mise en œuvre de tests biologiques in vivo et in vitro ;
• Développement d’approches -omiques
• Analyse des génomes et de l’expression des gènes (PCR en temps réel, puces à ADN, hybridation in situ, méthylation de l’ADN) ;
• Développement d’outils fonctionnels (invalidation de gènes, endocrinologie inverse) ;
• Caractérisation de peptides et de protéines (HPLC, spectrométrie de masse) ;
• Effet de la contamination chronique du milieu sur les mollusques marins ;
• Dosages biochimiques ;
• Phytoplancton : détermination, cultures, cycles de vie de différentes espèces phytoplanctoniques dont espèces toxiques (diatomée Pseudo-nitzschia spp), mesure des flux cellulaires et de excrétions de carbone, dynamique des efflorescences ;
• Macroalgues : détermination, cultures in vitro ;
• Signatures isotopiques (δ15N, δ34S, δ13C) ;
• Études des biofilms microphytobenthiques ;
• Modélisation des écosystèmes, des réseaux trophiques
• Modèles énergétiques, de réseaux d’interactions et couplés physique/biologie